本次中国湖泊沉积物底质调查与2012年已经完成的“中国湖泊水质、水量和生物资源调查”基础性工作专项相衔接, 在其获得的湖底地形等资料的基础上，开展湖泊沉积物底泥系统调查分析工作，获取湖泊底泥基础数据，与上一轮湖泊调查所获取的湖泊水与生物数据结合，完成所调查湖泊的水-生物-底泥完整湖泊系统资料调查工作，构建湖泊数据库。在区域上以长江中下游和淮河流域、东北华北地区、云贵高原面积大于10km2的湖泊为重点，以蒙新面积大于10km2的主要湖泊为补充，兼顾青藏高原的部分主要湖泊。制定湖泊沉积物底质调查规范，开展湖泊底泥质量包括底泥淤积分布和污染特征的实地调查和实验室分析，查明我国主要湖泊的底质现状、变化与原因，以及底泥对湖泊环境的影响，进行湖泊沉积物质量的初步评估，并提出湖泊底泥管理和保护建议。运用信息技术，建立中国湖泊底泥数据库，进行数据共享，满足湖泊科学研究与环境保护的需求。