“中国湖泊水质、水量与生物资源调查”项目为国家基础性工作专项2006年首批立项的13重点项目之一，属基科学调查和考察类，起至年限为2007年1月至2011年12月，历时五年。项目由中国科学院南京地理与湖泊研究所主持，中国科学院水生生物研究所、中国环境科学研究院、中国科学院东北地理与农业生态研究所、南京大学和中国科学院成都山地灾害与环境研究所等单位共同承担。

项目组织编制了《中国湖泊水质水量生物资源与遥感调查及数据整编规程》，并得到应用；建成了中国湖泊数据库和共享系统；完成《中国湖泊水质水量和生物资源调查报告》（上、下册）；编辑出版了我国第一部《中国湖泊分布地图集》；发表学术论文87篇，其中关于中国近50年湖泊变化论文发表于Geophysical Research Letters，被作为期刊封面文章，并被Science News和美国地球物理学会（AGU）会刊EOS等列为研究亮点广为报道；项目成果为相关部门和地方政府制定湖泊利用与保护策略提供了科学依据。